七不思议终结之时

在明治时代成立，保留著由少数人寄宿制的博雅教育为特征的传统――时之台学园。
进藤智进入了这间升学率极高的学校，是过着平凡日常的少年。
然而，他有个秘密。
那就是奶奶留给他的，拥有操控时间力量的怀表。
他应用了那个怀表的力量，过着愉快又高效的生活。

有一天，智察觉了学园里的七不思议跟怀表有所关联。

对应着七不思议的七个怀表――得到怀表的话，或许就能操控和时间相关的各种能力。
兴趣盎然的他，在放学之后，开始在充斥著七不思议的旧校舍探险。

在探险的过程中，智和同样拥有怀表的持有者，以及由毕业生代代相传，拥有调查七不思议传统的新闻部等等，和每天上下学时擦肩而过的少女们相遇。
然后和朋友们一起探险时，他们发现了其中一个七不思议的真相。
在不是过去也不是现在更不是未来的，时间停止的空间中――那里沉睡著穿著和服的少女。
少女拥有控制时间的力量，但将自己的力量分割成七等份，并转移到怀表中，失去了力量。
少女因为智怀表的力量（时间穿越），在现在这个时代醒来，似乎也因此回不到原本的时代了……

之后他们得知了，如果把怀表凑齐，就能让少女取回原本的力量，回到原来的时代。就这样，他们开始挑战七不思议之谜。